Cerner được thành lập vào năm 1979 bởi Neal Patterson, Paul Gorup, và Cliff Illig, là những đồng nghiệp của Arthur Andersen. Tên ban đầu của nó là PGI & Associates nhưng đã được đổi thành Cerner vào năm 1984 khi nó tung ra hệ thống đầu tiên, PathNet.[4] Nó ra mắt công chúng vào năm 1986.[5] Lượng khách hàng của Cerner tăng lên nhanh chóng vào cuối thập niên 1980, đạt tới 70 điểm vào năm 1987, 120 điểm vào năm 1988, 170 điểm vào năm 1989, và tới 250 điểm vào năm 1990.